Bảo quản mật ong nguyên chất trong những chiếc lọ đậy kín, nếu để không khí lọt vào thì chúng sẽ bị ô-xy hóa còn nếu nước lọt vào thì mật ong sẽ lên men. Không khí và nước cũng là hai yếu tố có thể làm màu sắc của mật ong bị đậm lại và mất đi mùi thơm.

- Nếu để lâu ngày, mật ong nguyên chất sẽ bị kết tinh. Để làm chậm quá trình kết tinh của chúng, bạn đừng để lọ mật ong phơi trần ngoài không khí hoặc tiếp xúc với nước. Hàm lượng phấn hoa quá cao hoặc nhiệt độ môi trường quá lạnh cũng có thể là nguyên nhân khiến mật ong kết tinh nhanh hơn. Để làm tan chảy lọ mật ong đã bị kết tinh, bạn có thể đặt chúng vào một nồi nước ấm, tuyệt đối không được sử dụng nước quá nóng.

- Lọ đựng mật ong phải được làm từ những chất liệu không gây ra các phản ứng hóa học như thủy tinh hoặc gốm sứ, không dùng các lọ đựng được làm từ kim loại. Kim loại và gỗ là hai chất liệu không phù hợp với mật ong vì kim loại sẽ phản ứng với mật ong, có thể gây ngộ độc. Trong khi đó, gỗ sẽ làm mật ong bị lây mùi. Cần thường xuyên kiểm tra độ trong, hơi ẩm, mùi và độ kín hơi của lọ mật ong.

- Giữ lọ mật ong tránh xa những thực phẩm có mùi thơm như gia vị, vì mật ong nguyên chất có xu hướng hút mùi thơm của những thực phẩm ở gần chúng.

- Luôn để lọ mật ong ở những nơi mát và tối, không cho ánh nắng chiếu trực tiếp vào.

- Nhiệt độ của mật ong nguyên chất không được vượt quá 27 độ C, lý tưởng nhất là từ 21 độ C đến 26 độ C. Tránh để chúng ở gần bếp lò hoặc tủ lạnh vì hơi nóng sẽ làm mật ong dậy mùi và sậm màu hơn.